ABI 3730XL測序儀

　　Illumina hiseq-2000測序儀

　　PacBio RSI 測序儀

　　儀器價格：一代更比一代高

　　在采訪中了解到，用戶A所使用的ABI 3730XL測序儀購于2010年，當時購買的價格是100萬元人民幣左右，這是一款第一代測序儀，其基于毛細管電泳和熒光標記技術(shù)進行測序。

　　用戶B使用的第二代測序儀Illumina hiseq-2000于2011年購買，價格約為75萬美元，其采用可逆終止法的邊合成邊測序技術(shù)。

　　用戶C使用的PacBio RS I測序儀是一款第三代測序儀，其利用DNA單分子的直接測序的原理進行測序。該儀器于2012年購進，當時購買價格約為100萬美元。

　　用戶開機率：普遍較高

　　A用戶來自測序公司，每天都收到來自其他單位的測序樣本，因此使用頻率非常高，幾乎每天都開機，

　　B用戶來自科研機構(gòu)，該儀器作為平臺儀器，為單位所在的整個科研系統(tǒng)服務(wù)，兩年中都是滿負荷使用。

　　C用戶來自高校，儀器主要為高校內(nèi)部系統(tǒng)提供服務(wù)，1年中使用頻率較高。

　　測序速率，讀長，通量都可以滿足需求

　　相比之下，ABI 3730XL測序儀的測序速度在第一代基因測序儀中是最高的。但是，由于其依賴于電泳分離技術(shù)，所以速率方面難以進一步升級，96樣本的測序運行時間約為1小時40分鐘。每天的數(shù)據(jù)通量可以達到600000bp，主要適合于基因測序和基因分型研究。

　　Illumina hiseq-2000測序儀作為第二代測序儀，測序速率大大提升，每天最高可以產(chǎn)生75Gb的數(shù)據(jù)?？梢詫崿F(xiàn)De Novo從頭測序，DNA重測序等各種測序目標。

　　PacBio RSI的測序速度可以達到每分鐘60個堿基，從樣品制備到獲得堿基序列的全部流程可在1天內(nèi)完成。每天可獲得的數(shù)據(jù)是200Mb mappable data。能夠完成各種測序目標。

　　讀長方面，ABI 3730XL的準確讀長可以達到800bp。Illumina hiseq-2000測序儀讀長可以達到2×100bp。PacBio RSI目前可以獲得1300bp的平均讀長。

　　前處理環(huán)節(jié)：第三代測序儀優(yōu)勢明顯

　　用戶表示，ABI 3730XL和Illumina hiseq-2000雖然與同類儀器相比建庫準備實驗相對方便，但仍需花費較長時間和大量人力。但作為第三代測序平臺的PacBio RSI測序儀，利用DNA單分子的直接測序的原理，無需進行文庫制備，可直接從DNA片段獲得測序數(shù)據(jù)，從樣本制備到獲得測序結(jié)果，所需的時間還不到一天。并且與傳統(tǒng)標準方法相比，所需的DNA量也相當少，用量可低至不到500ng。

　　收費售后服務(wù)：用戶滿意度高

　　Illumina、Life technologies的售后服務(wù)獲得了用戶的一致認可，用戶認為，其服務(wù)“響應(yīng)速度快，專業(yè)性高，解決問題十分徹底”。

　　基因測序儀的產(chǎn)品生產(chǎn)商相對較少，過了免費的質(zhì)保服務(wù)期之后，用戶需要承擔高額的售后服務(wù)費用，但幾名用戶對此并未產(chǎn)生不滿，ABI 3730XL的用戶表示，“我們認為一年10萬元的售后費用物有所值。”

　　改進意見：配套試劑耗材應(yīng)降價

　　盡管ABI 3730XL在速度和成本方面都已達到了極限，但與二三代測序儀相比，其通量較低，成本較高，并且由于其對電泳分離技術(shù)的依賴，速度成本難以進一步提升。盡管如此，ABI 3730XL用戶認為，ABI 3730XL方法可靠，并且已形成規(guī)?；?，將繼續(xù)發(fā)揮重要作用。

　　使用Illumina hiseq-2000的用戶認為，該儀器的配套試劑價格過高，另外讀長還有待增加，并且希望建庫準備實驗可以實現(xiàn)自動化。

　　PacBio，RSI的用戶表示，這臺儀器的不足之處主要在于試劑耗材價格過高，通量還有待提高。另外，PacBio RSI系統(tǒng)可購買升級包，將原有系統(tǒng)轉(zhuǎn)化成最新的PacBio RSII，但是，升級耗資巨大也是令用戶頭痛的問題。

　　附：基因測序儀簡介

　　DNA測序技術(shù)是現(xiàn)代生物學研究中重要的研究手段之一。成熟的DNA測序技術(shù)始于20世紀70年代中期。1977年，Maxam和Gilbert報道了通過化學降解測定DNA序列的方法。同一時期，Sanger發(fā)明了雙脫氧鏈終止法。20世紀90年代，熒光自動測序技術(shù)將DNA測序帶入自動化測序時代。目前，基因測序儀已發(fā)展到第三代，Illumina、Life technologies(ABI)等公司共同占據(jù)著全球基因測序儀市場。