Orbitrap Fusion LC-MS系統(tǒng)解決通量挑戰(zhàn)的方法之一是通過串聯(lián)質(zhì)譜標(biāo)記(TMT)。這項技術(shù)使質(zhì)譜儀同時可以確定多個樣品中蛋白質(zhì)的相對量。相比以前的儀器，Orbitrap Fusion LC-MS大大提高了數(shù)據(jù)的深度和質(zhì)量，使TMT結(jié)果遠(yuǎn)好于先前。新平臺利用的三級質(zhì)譜(MS3)的選擇性，提高定量的準(zhǔn)確性。賽默飛還推出新的TMT試劑，可以實現(xiàn)全面，同時分析多達(dá)10個樣品。

　　Orbitrap Fusion LC-MS的核心是一種三個不同質(zhì)量分析器結(jié)構(gòu)，它們一起工作可以提高分析性能提高到新的水平，并使全新的實驗方法成為可能：

　　(1)四極桿作為預(yù)選擇，隔離寬度為0.4amu，達(dá)到極好的靈敏度和選擇性;

　　(2)超高場軌道阱提供超過45??0000的分辨率，以及高達(dá)15赫茲的掃描速率，提供無與倫比的選擇性和分析速度;

　　(3)多級離子通絡(luò)隨后跟隨雙壓線性離子阱，其提供MSn HCD、CID和ETD的碎裂，并進(jìn)行快速(掃描率高達(dá)20赫茲)，靈敏的質(zhì)譜分析與。同步的前級選擇提高了儀器的信噪比。

　　這“Tribrid”結(jié)構(gòu)使用戶能夠確定大量更低豐度蛋白，速度比可能獲得的現(xiàn)有商業(yè)化儀器更快。它獨特的架構(gòu)實現(xiàn)在Orbitrap和LIT中同時實現(xiàn)預(yù)隔離、碎裂和數(shù)據(jù)采集。與現(xiàn)有儀器相比，它可以收集更多高質(zhì)量的數(shù)據(jù)，可能擴(kuò)展實驗范圍。

　　在MSn分析中的任何階段都可以選擇碎片模式，通過 Orbitrap或LIT進(jìn)行檢測，使得從代謝產(chǎn)物、多聚糖、翻譯后修飾和序列多態(tài)性中獲得新水平的結(jié)構(gòu)信息。

　　在典型的代謝組學(xué)實驗中，隨著目標(biāo)化合物的變化，科學(xué)家們經(jīng)常遇到的未知物。為了確定未知物，必須將樣品上LC-LIT上重新分析以獲得MSn數(shù)據(jù)。但在第二次分析，它很難確保保留時間吻合，因此引入很大的不確定性。然而，憑借其獨特三種質(zhì)量分析器結(jié)構(gòu)，新的Orbitrap Fusion LC-MS解決了這個問題，用戶能將許多小分析實驗轉(zhuǎn)換，并最終確定未知物。

　　Orbitrap Fusion LC-MS軟件可提供動態(tài)掃描管理(DSM)的功能，當(dāng)實驗運行時，其可自動調(diào)整掃描參數(shù)，以達(dá)到最佳的效果。

　　Orbitrap Fusion LC-MS還提供一種新型的，易于使用的拖放方法編輯器，其可以從設(shè)置的復(fù)雜方法中去除大部分的猜測。這是只一套全面支持該系統(tǒng)大的軟件平臺功能的一部分。它還包括：

　　(1)Freestyle軟件，一種新的數(shù)據(jù)可視化工具，也有利于快速的方法開發(fā)和數(shù)據(jù)質(zhì)量評估。

　　(2)Proteome Discoverer，一個全面的應(yīng)用軟件，用于蛋白質(zhì)鑒定。

　　(3)Compound Discoverer軟件，廣泛的應(yīng)用于小分子結(jié)構(gòu)鑒定。

　　(4)SIEVE軟件，用于蛋白質(zhì)組學(xué)和小分子樣品的定量分析。

　　(5)mzCloud軟件，一種新型的質(zhì)譜數(shù)據(jù)庫，支持未知數(shù)鑒定和結(jié)構(gòu)鑒定。